„Повише чаробног Милочера са љупком Малом и Вељом Луком, гдје је саграђен дворац Њезиног Величанства Краљице Мајке Марије, диже се на прекрасном положају крај колског пута Котор-Бар историјски српскоправославни манастир Прасквица, који је добио име по потоку Прасквици, чија вода, кажу, мирише на праскве (брескве).“

Овако свој рад о манастиру Прасквица почиње професор Петар Шеровић.

Манастир је основао Балша III Страцимировић Балшић „по милости Божијој господар Зете“ 1413. године. Тада  је са паштровском властелом, „нашавши прикладно мјесто“ подигао цркву посвећену Светом Николи. Манастир је име добио по оближњем извору чија је вода мирисала на брескве, или праскве како се у Паштровићима зна рећи. Оснивачка повеља из 1413. године није сачувана у оригиналу, али су сачувана два њена каснија преписа на италијанском и црквено-словенском, а данас се налазе у Которском архиву. У повељи се помињу бројни паштровски прваци који су били у његовој служби, али и „посланик господина Сандаља Алекса Паштровић, који се затекао код господара Балше“.

Манастир је дијелио судбину народа кроз тешка времена и постао  духовни и политички центар Паштровића. Манастир Прасквица је, заједно са остала три паштровска манастира, одиграо одлучујућу улогу у очувању националног и вјерског идентитета Паштровића. У њему су се окупљале паштровске старјешине за чувеним округлим каменим столом, који се од 1420. године па до данас налази у манастиру, и доносиле политичке и судске одлукe.

Прасквица је одржавала веома јаке везе са царском Русијом, што је потврђено 1783. године, када је царица Катарина II одредила манастиру годишњу помоћ од 100 „червоних“ а то на молбу Паштровића коју су руском царском двору поднијели архимандрит прасквички Сава Љубиша и јеромонах Исаија Бечић. Ова исправа издата је 22. априла 1783 г. у Могилеву а потписао  је књаз Потемкин. За архимандрита Саву Љубишу се приповиједа, да је врло лијепо пјевао и да га је ради тога царица Катарина II замолила, да остане у Русији. Сава јој се на томе захвалио и изложио јој, да је потреба, да остане у свом манастиру, што је царица схватила и одобрила му наведену новчану помоћ.

Годишњу помоћ од 100 червоних повисио је цар Павле на 150 червоних или цекина годишње. Грамота о томе, која се такође овдје чува, издата је у граду Готчино 30. августа 1798. г. те је исту цар Павле својеручно потписао и наредио да се потврди царским печатом.
Послије пада Венеције 1797. године, Паштровићи су на кратко били под влашћу Аустрије, након чега 1805. године цијелу Далмацију окупира Наполеонова Француска. У тим временима, истакнути прасквички архимандрит Сава Љубиша отворено стаје на страну царске Русије и претвара Прасквицу у политички центар Паштровића. Због тога, Французи у мају 1812. године разарају манастир. Тада је страдало братство манастира, главни манастирски храм, конаци, а са њима и богат архивски фонд Паштровића. Монахе Димитрија Љубишу и Петронија Миковића су заробили и стријељали пред Будвом, а архимандрит Сава Љубиша успио је да побјегне у Црну Гору. Манастир је био опустошен. Aрхимандрит Сава Љубиша је након повратка у манастир  послије француске похаре записао „… и не нађох нишча у манастиру до голијех зидинах“.
Дионисије Миковић приповиједа да је „послије ове катастрове Сава Архимандрит послао из Црмнице свог слугу под именом Никола Зубац из Црне Горе да види што је од манастира и калуђера, овај му донесе вијест: Манастир ни је опустошио и све море до Шкоља и Будве бијели се од књига манастирскијех; калуђере ти повезате одвели а Светоме Николи у пањеги једно око ископали.“

Тада су Французи уништили богату манастирску архиву и побацали у море манастирска документа, међу којима и исправе Паштровске банкаде који су се чували у манастиру. Каже се да се више дана „море бијелило“ испод манастира од многобројних разасутих папира из манастирске архиве. Ово варварство је остало трајно урезано у народно памћење, заједно са трагедијом Паштровића за Голим врхом 1381. године и похаром Махмут паше Бушатлије 1785. године.
Главна манастирска црква је обновљена 1847. године, за вријеме јеромонаха Јосифа Митровића и архимандрита Синесија Давидовића, прилозима Паштровића и руском помоћи. Како наводи Младен Црногорчевић, приликом обнове црква је проширена у односу на првобитну Балшину која је била „тако малена да се у њу могло смјестити једва 50 људи“. Такође наводи да није имала куполу, али је имала „такође звоник на преслицу са три окна“. Од ње је сачуван мали дио зида који сједочи да је првобитна црква била живописана.

У земљотресу 1979. године су страдале обије манастирске цркве, али и конаци у којима је страдала библиотека.